Sequenciamento de Microbioma

Resultados confiáveis em até 8 semanas

Resultados rápidos, qualidade indiscutível e satisfação Garantida

16S/ITS
Shotgun 
Metatranscriptoma
Full-Lenght 16S 
Long-Read

O Futuro do Sequenciamento de Microbioma é AQUI!

Soluções de ponta-a-ponta para suas necessidades de microbioma

Tudo em um só lugar

Qualidade de dados incomparável

Rápido tempo de execução

100% de garantia de satisfação do cliente

Requisitado por muitas instituições líderes

Temos a honra de colaborar e fornecer serviços de análise de última geração com as mais prestigiadas instituições, agências e empresas do mundo.

 

Potenciais Aplicações dos Nossos Serviços

16S/ITS Amplicon Sequencing Service

Identificação de bactérias, arqueas e fungos de qualquer amostra de microbioma

 

Rápido tempo de resposta

Da extração até os dados em até 8 semanas

Qualidade Referenciada

Resolução em nível de espécie com banco de dados 16S rRNA selecionado

Quantificação da Abundância Absoluta

Obtenha insights mais valiosos da sua amostra

Obtenha identificação em nível de espécie com sequenciamento de amplicon 16S

tabela_familias

Ao combinar métodos de correção de erros de sequenciamento de ponta com um banco de dados de rRNA 16S altamente selecionado, nosso serviço de sequenciamento de amplicon 16S pode fornecer identificação taxonômica até o nível de espécie.

Análise Bioinformática Abrangente

Simplifique a interpretação de dados de sequenciamento de amplicon 16S/ITS

Todos os projetos incluem um relatório abrangente com análise de bioinformática e dados brutos de sequenciamento. O relatório do serviço de sequenciamento 16S rRNA fornece gráficos de barras composicionais, mapas de calor de taxonomia, análises de diversidade alfa e diversidade beta. Comparações de grupos e descoberta de biomarcadores LEfSe também são refletidas em todos os relatórios do serviço de sequenciamento de amplicon 16S/ITS. Nossa equipe de bioinformátas especialistas está aqui para ajudar você a obter o máximo de seus dados.

Sequencing PlatformIlluminia MiSeq , NextSeq2000 
Read Length2 x 300 bp, Unique Dual Indexing (UDI)
Target Regions

V1-V2, V1-V3, V3-V4, V3, V4, V4-V5, V5-V6, V6-V8, ITS2, 18S

Others available upon request

Accepted Sample TypesExtracted Genomic DNA, or raw samples
DNA Extraction

ZymoBIOMICS 96 Magbead DNA (D4308)

ZymoBIOMICS DNA Miniprep (D4300)

Library Prep

Quick-16S NGS Library Prep (D6400)

Quick-16S Plus NGS Library Prep (D6421)

Plastid rRNA Blockers

PNA PCR Blockers

Blocks amplification of the V4 region of chloroplast and mitochondrial rRNA genes

Absolute QuantificationQuantification of absolute 16S or ITS gene copy number using qPCR with library preparation primers
Quality ControlA positive control for DNA extraction (ZymoBIOMICS Microbial Community Standard, D6300) and a positive control for library preparation (ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard, D6305) are included in each project as a quality control. Results are reported in the final project report. Negative extraction controls and negative qPCR controls are also monitored with real time PCR and can be analyzed upon request.
Sequencing AnalysisAmplicon Sequence Variant (ASV) based analysis with DADA2 and Qiime 1.9 to provide higher accuracy and better resolution of data.
Reference DatabaseAs publicly available databases (e.g. Greengenes, UNITE) contain a multitude of errors, inconsistent annotations, and poor sequence quality, we utilized an in-house curated reference database.
Data VisualizationAbsolute abundance boxplot, taxa abundance barplot, taxa abundance heatmap, ASV abundance heatmap, alpha diversity boxplot and rarefaction curves, beta diversity 3D Emperor plot, Taxa2ASV decomposer
Statistical AnalysisLEfSe analysis uncovers taxa/traits that are differentially distributed among defined sample groups.
Data StorageRaw sequencing data and analysis report are stored for up to 3 months
sequenciamento shotgun microbioma

Shotgun Metagenomic Sequencing Service

Detecção e Identificação Taxônomica de Microrganismo

Rápido tempo de resposta

Receba seus dados e análises em até 8 semanas

selo de garantia de qualidade de sequenciamento

Alto padrão de qualidade nos Dados

Padrões de referência utilizados em todas os sequenciamentos

Identificação

Identificação em nível de cepa para descoberta bacteriana

Identificação taxonômica altamente precisa

Resolução de nível de linhagem multi-reino

imagem de bacteria

Bactéria

fungo identificado por sequenciamento

Fungo

virus identificado por sequenciamento

Vírus

Protista

O banco de dados Zymo Research contém mais de 77.000 cepas de referência em todos os reinos (Bacteria, Archaea, Eukaryote e DNA Viruses). Algoritmo proprietário elimina os riscos de falsos positivos na atribuição de taxonomia.

Precisão e consistência do sequenciamento

Nossos algoritmos de análise de dados de ponta reduzem drasticamente os falsos positivos na atribuição de taxonomia e nosso fluxo de trabalho foi validado em cada etapa para otimizar contra imprecisões. Combinado com reagentes ultralimpos para minimizar o ruído de fundo do “kit-ome”, nosso Shotgun Metagenomic Sequencing Service fornece alta precisão de confiança para criação de perfil de amostra.

Análise Bioinformática Abrangente

O Shotgun Metagenomic Sequencing Service inclui análise de taxonomia, gráficos de barras de diversidade alfa, análise de diversidade beta, criação de perfil de família de genes, análise de via metabólica, criação de perfil de genes de resistência a antibióticos e genes de virulência e descoberta de biomarcadores LEfSe.

Sequencing PlatformIllumina NovaSeq 6000™, NextSeq 2000™, NovaSeq X™
Sample Collection

Raw Sample

Various sample collection devices provided upon request

DNA sample (> 1 ng/μl by Fluorescence DNA quantification)

Please ensure it is PCR inhibitor-free

Read Length2 x 150 bp
Taxonomy Resolution

Bacteria and Archaea: strain-level

Fungi and Viruses: species-level

Accepted Sample TypesExtracted Genomic DNA, or raw samples
DNA Extraction

ZymoBIOMICS 96 Magbead DNA (D4308)

ZymoBIOMICS DNA Miniprep (D4300)

Library Prep

Illumina DNA Prep (Formerly Nextera Flex)

Unique Dual Indexing (UDI) included

Sequencing AnalysisKmer signature based analysis using Sourmash with antimicrobial resistance using Diamond and functional pathway analysis using Humann3
Reference Database

We use pre-built databases supported by the SourMash development group covering Prokaryote, Eukaryote, Archaea, and Viral genomes compatible with GTDB and NCBI taxonomies.

Data Visualization

Taxonomy Profiling

  • Taxa abundance bar plot and heatmap
  • Alpha diversity boxplot
  • Beta diversity PCoA plot

Functional Profiling

  • Antibiotics resistance identification
  • Virulence gene identification
  • Gene family profiling (UniRef)
  • Metabolic pathway profiling (Metacyc)
Statistical Analysis

LEfSe analysis uncovers taxa/traits that are differentially distributed among defined sample groups.

Example ReportOur sample shotgun metagenomic sequencing service report can be viewed here
Data Storage

Raw sequencing data and analysis report are stored for up to 3 months

sequenciamento de metatranscriptoma

Metatranscriptomics Sequencing Service

Revele a dinâmica microbiana com o perfil de expressão genética

depleção de sequenciamento de metatranscriptoma

Depleção Universal

Depletar o RNA ribossômico (rRNA) do hospedeiro e da bactéria de qualquer tipo de amostra

flixibilidade

Flexibilidade extrema

Análise abrangente da expressão genética

identificacao

Mestre do Microbioma

Detect RNA from any kingdom (Bacteria, Archaea, Eukarya, and viruses)

RNA de alta qualidade de qualquer tipo de amostra usando lise mecânica imparcial

Distribuição do tamanho dos fragmentos e pontuação RIN do RNA extraído usando o kit ZymoBIOMICS MagBead RNA (R2137) ou o kit ZymoBIOMICS RNA Miniprep (R2001).

Dados mais relevantes com depleção universal de rRNA

A depleção do RNA ribossômico e a preparação da biblioteca de RNA foram realizadas no ZymoBIOMICS Community Standard (D6300) e no Fecal Reference Material (D6323) usando o Zymo-Seq RiboFree Total RNA Library Kit (R3000).

Relatório de bioinformática fácil e personalizável

relatorios de sequenciamento personalizavel

A Zymo Research tem uma equipe dedicada de especialistas que se destacam na criação de relatórios bioinformáticos personalizados e fáceis de usar. Garantimos que os dados sejam apresentados em um formato claro e compreensível, adaptado às necessidades dos clientes.

Identificação taxonômica altamente precisa

Resolução de nível de linhagem multi-reino

imagem de bacteria

Bactéria

fungo identificado por sequenciamento

Fungo

virus identificado por sequenciamento

Vírus

Protista

O banco de dados Zymo Research contém mais de 77.000 cepas de referência em todos os reinos (Bacteria, Archaea, Eukaryote e DNA Viruses). Algoritmo proprietário elimina os riscos de falsos positivos na atribuição de taxonomia.

Análise da via metabólica e da expressão gênica

analises de genes do sequenciamento de metatranscriptoma

O heatmap de perfil de via metabólica oferece uma representação visual dos padrões de abundância de vias funcionais em todas as amostras. Além disso, por meio da organização de agrupamento hierárquico, o relatório revela amostras com associações potenciais entre vias funcionalmente relacionadas.

Sequencing PlatformIllumina NovaSeq X™ 10B or 25B Reagent kit (2x150bp)
Sample Collection

Raw Sample

  • Various sample collection devices provided upon request

RNA sample

  • >10 ng/µl (by Fluorescence RNA quantification) with RIN score >7

Please ensure it is PCR inhibitor-free.

RNA Extraction
ZymoBIOMICS 96 Magbead RNA (R2137)
ZymoBIOMICS RNA Miniprep (R2001)
Library Prep
Zymo-Seq RiboFree Total RNA Library Kit (R3003)
Unique Dual Index (UDI)
Quality ControlA positive control for RNA extraction (ZymoBIOMICS Microbial Community Standard, D6300) is included in each project as a quality control, without additional charge. Negative extraction controls and negative PCR controls are monitored and can be sequenced upon request.
Sequencing AnalysisKmer signature-based analysis using Sourmash with antimicrobial resistance using Diamond and functional pathway analysis using Humann3
Taxonomy Resolution
Bacteria and Archaea: strain-level
Fungi and Viruses: species-level
Reference DatabaseFull GTDB database (R07-RS207) was used for bacterial and archaeal identification. Pre-formatted GenBank databases (v2022.03) provided by Sourmash were used for virus, protozoa, and fungi identification
Data Analysis

Taxonomy Profiling

  • Taxa abundance bar plot and heatmap
  • Alpha diversity boxplot
  • Various sample collection devices provided upon request

RNA sample

  • Antibiotics resistance identification
  • Virulence gene identification
  • Gene family profiling (UniRef)
  • Metabolic pathway profiling (MetaCyc)
Statistical AnalysisLEfSe analysis uncovers taxa/traits that are differentially distributed among defined sample groups.
Example ReportOur Sample Report can be viewed here.
Data StorageRaw sequencing data and analysis report are stored for up to 3 months.

Formulário de Pedido de Cotação

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