Sequenciamento de Microbioma
Resultados confiáveis em até 8 semanas
Resultados rápidos, qualidade indiscutível e satisfação Garantida
O Futuro do Sequenciamento de Microbioma é AQUI!
Soluções de ponta-a-ponta para suas necessidades de microbioma
Tudo em um só lugar
Qualidade de dados incomparável
Rápido tempo de execução
100% de garantia de satisfação do cliente
Requisitado por muitas instituições líderes
Temos a honra de colaborar e fornecer serviços de análise de última geração com as mais prestigiadas instituições, agências e empresas do mundo.
Potenciais Aplicações dos Nossos Serviços
16S/ITS Amplicon Sequencing Service
Identificação de bactérias, arqueas e fungos de qualquer amostra de microbioma
Rápido tempo de resposta
Da extração até os dados em até 8 semanas
Qualidade Referenciada
Resolução em nível de espécie com banco de dados 16S rRNA selecionado
Quantificação da Abundância Absoluta
Obtenha insights mais valiosos da sua amostra
Obtenha identificação em nível de espécie com sequenciamento de amplicon 16S
Ao combinar métodos de correção de erros de sequenciamento de ponta com um banco de dados de rRNA 16S altamente selecionado, nosso serviço de sequenciamento de amplicon 16S pode fornecer identificação taxonômica até o nível de espécie.
Análise Bioinformática Abrangente
Simplifique a interpretação de dados de sequenciamento de amplicon 16S/ITS
Todos os projetos incluem um relatório abrangente com análise de bioinformática e dados brutos de sequenciamento. O relatório do serviço de sequenciamento 16S rRNA fornece gráficos de barras composicionais, mapas de calor de taxonomia, análises de diversidade alfa e diversidade beta. Comparações de grupos e descoberta de biomarcadores LEfSe também são refletidas em todos os relatórios do serviço de sequenciamento de amplicon 16S/ITS. Nossa equipe de bioinformátas especialistas está aqui para ajudar você a obter o máximo de seus dados.
Sequencing Platform | Illuminia MiSeq ™, NextSeq2000 ™ |
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Read Length | 2 x 300 bp, Unique Dual Indexing (UDI) |
Target Regions | V1-V2, V1-V3, V3-V4, V3, V4, V4-V5, V5-V6, V6-V8, ITS2, 18S Others available upon request |
Accepted Sample Types | Extracted Genomic DNA, or raw samples |
DNA Extraction | ZymoBIOMICS 96 Magbead DNA (D4308) ZymoBIOMICS DNA Miniprep (D4300) |
Library Prep | Quick-16S NGS Library Prep (D6400) Quick-16S Plus NGS Library Prep (D6421) |
Plastid rRNA Blockers | PNA PCR Blockers Blocks amplification of the V4 region of chloroplast and mitochondrial rRNA genes |
Absolute Quantification | Quantification of absolute 16S or ITS gene copy number using qPCR with library preparation primers |
Quality Control | A positive control for DNA extraction (ZymoBIOMICS Microbial Community Standard, D6300) and a positive control for library preparation (ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard, D6305) are included in each project as a quality control. Results are reported in the final project report. Negative extraction controls and negative qPCR controls are also monitored with real time PCR and can be analyzed upon request. |
Sequencing Analysis | Amplicon Sequence Variant (ASV) based analysis with DADA2 and Qiime 1.9 to provide higher accuracy and better resolution of data. |
Reference Database | As publicly available databases (e.g. Greengenes, UNITE) contain a multitude of errors, inconsistent annotations, and poor sequence quality, we utilized an in-house curated reference database. |
Data Visualization | Absolute abundance boxplot, taxa abundance barplot, taxa abundance heatmap, ASV abundance heatmap, alpha diversity boxplot and rarefaction curves, beta diversity 3D Emperor plot, Taxa2ASV decomposer |
Statistical Analysis | LEfSe analysis uncovers taxa/traits that are differentially distributed among defined sample groups. |
Data Storage | Raw sequencing data and analysis report are stored for up to 3 months |
Shotgun Metagenomic Sequencing Service
Detecção e Identificação Taxônomica de Microrganismo
Rápido tempo de resposta
Receba seus dados e análises em até 8 semanas
Alto padrão de qualidade nos Dados
Padrões de referência utilizados em todas os sequenciamentos
Identificação
Identificação em nível de cepa para descoberta bacteriana
Identificação taxonômica altamente precisa
Resolução de nível de linhagem multi-reino
Bactéria
Fungo
Vírus
Protista
O banco de dados Zymo Research contém mais de 77.000 cepas de referência em todos os reinos (Bacteria, Archaea, Eukaryote e DNA Viruses). Algoritmo proprietário elimina os riscos de falsos positivos na atribuição de taxonomia.
Precisão e consistência do sequenciamento
Nossos algoritmos de análise de dados de ponta reduzem drasticamente os falsos positivos na atribuição de taxonomia e nosso fluxo de trabalho foi validado em cada etapa para otimizar contra imprecisões. Combinado com reagentes ultralimpos para minimizar o ruído de fundo do “kit-ome”, nosso Shotgun Metagenomic Sequencing Service fornece alta precisão de confiança para criação de perfil de amostra.
Análise Bioinformática Abrangente
O Shotgun Metagenomic Sequencing Service inclui análise de taxonomia, gráficos de barras de diversidade alfa, análise de diversidade beta, criação de perfil de família de genes, análise de via metabólica, criação de perfil de genes de resistência a antibióticos e genes de virulência e descoberta de biomarcadores LEfSe.
Sequencing Platform | Illumina NovaSeq 6000™, NextSeq 2000™, NovaSeq X™ |
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Sample Collection | Raw Sample Various sample collection devices provided upon request DNA sample (> 1 ng/μl by Fluorescence DNA quantification) Please ensure it is PCR inhibitor-free |
Read Length | 2 x 150 bp |
Taxonomy Resolution | Bacteria and Archaea: strain-level Fungi and Viruses: species-level |
Accepted Sample Types | Extracted Genomic DNA, or raw samples |
DNA Extraction | |
Library Prep | Illumina DNA Prep (Formerly Nextera Flex) Unique Dual Indexing (UDI) included |
Sequencing Analysis | Kmer signature based analysis using Sourmash with antimicrobial resistance using Diamond and functional pathway analysis using Humann3 |
Reference Database | We use pre-built databases supported by the SourMash development group covering Prokaryote, Eukaryote, Archaea, and Viral genomes compatible with GTDB and NCBI taxonomies. |
Data Visualization | Taxonomy Profiling
Functional Profiling |
Statistical Analysis | LEfSe analysis uncovers taxa/traits that are differentially distributed among defined sample groups. |
Example Report | Our sample shotgun metagenomic sequencing service report can be viewed here |
Data Storage | Raw sequencing data and analysis report are stored for up to 3 months |
Metatranscriptomics Sequencing Service
Revele a dinâmica microbiana com o perfil de expressão genética
Depleção Universal
Depletar o RNA ribossômico (rRNA) do hospedeiro e da bactéria de qualquer tipo de amostra
Flexibilidade extrema
Análise abrangente da expressão genética
Mestre do Microbioma
Detect RNA from any kingdom (Bacteria, Archaea, Eukarya, and viruses)
RNA de alta qualidade de qualquer tipo de amostra usando lise mecânica imparcial
Distribuição do tamanho dos fragmentos e pontuação RIN do RNA extraído usando o kit ZymoBIOMICS MagBead RNA (R2137) ou o kit ZymoBIOMICS RNA Miniprep (R2001).
Dados mais relevantes com depleção universal de rRNA
A depleção do RNA ribossômico e a preparação da biblioteca de RNA foram realizadas no ZymoBIOMICS Community Standard (D6300) e no Fecal Reference Material (D6323) usando o Zymo-Seq RiboFree Total RNA Library Kit (R3000).
Relatório de bioinformática fácil e personalizável
A Zymo Research tem uma equipe dedicada de especialistas que se destacam na criação de relatórios bioinformáticos personalizados e fáceis de usar. Garantimos que os dados sejam apresentados em um formato claro e compreensível, adaptado às necessidades dos clientes.
Identificação taxonômica altamente precisa
Resolução de nível de linhagem multi-reino
Bactéria
Fungo
Vírus
Protista
O banco de dados Zymo Research contém mais de 77.000 cepas de referência em todos os reinos (Bacteria, Archaea, Eukaryote e DNA Viruses). Algoritmo proprietário elimina os riscos de falsos positivos na atribuição de taxonomia.
Análise da via metabólica e da expressão gênica
O heatmap de perfil de via metabólica oferece uma representação visual dos padrões de abundância de vias funcionais em todas as amostras. Além disso, por meio da organização de agrupamento hierárquico, o relatório revela amostras com associações potenciais entre vias funcionalmente relacionadas.
Sequencing Platform | Illumina NovaSeq X™ 10B or 25B Reagent kit (2x150bp) |
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Sample Collection | Raw Sample
RNA sample
Please ensure it is PCR inhibitor-free. |
RNA Extraction | ZymoBIOMICS 96 Magbead RNA (R2137) ZymoBIOMICS RNA Miniprep (R2001) |
Library Prep | Zymo-Seq RiboFree Total RNA Library Kit (R3003) Unique Dual Index (UDI) |
Quality Control | A positive control for RNA extraction (ZymoBIOMICS Microbial Community Standard, D6300) is included in each project as a quality control, without additional charge. Negative extraction controls and negative PCR controls are monitored and can be sequenced upon request. |
Sequencing Analysis | Kmer signature-based analysis using Sourmash with antimicrobial resistance using Diamond and functional pathway analysis using Humann3 |
Taxonomy Resolution | Bacteria and Archaea: strain-level Fungi and Viruses: species-level |
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Reference Database | Full GTDB database (R07-RS207) was used for bacterial and archaeal identification. Pre-formatted GenBank databases (v2022.03) provided by Sourmash were used for virus, protozoa, and fungi identification |
Data Analysis | Taxonomy Profiling
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Statistical Analysis | LEfSe analysis uncovers taxa/traits that are differentially distributed among defined sample groups. |
Example Report | Our Sample Report can be viewed here. |
Data Storage | Raw sequencing data and analysis report are stored for up to 3 months. |
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